Wsparcie bioinformatyczne dla naukowców

W Laboratorium Biologii Obliczeniowej skupiamy się na bioinformatyce strukturalnej, aktywnie poszukując nowych wyzwań w odkrywaniu i projektowaniu terapeutyków, często we współpracy z grupami eksperymentalnymi. Integrujemy zaawansowane narzędzia uczenia głębokiego, jak np. AlphaFold, aby zwiększyć wiarygodność predykcji bioinformatycznych. Używamy najbardziej skutecznych rozwiązań w dziedzinie przewidywania struktur białkowych i modelowania, szczególnie w przewidywaniu oddziaływań biomolekularnych takich jak białko-peptyd, białko-białko i białko-RNA.

Wykorzystujemy najnowsze technologie uczenia głębokiego, aby poprawić dokładność i efektywność naszych modeli. Nasz zróżnicowany zespół, posiadający doświadczenie w dziedzinach chemii, bioinformatyki, fizyki i nauk medycznych, jest dobrze przygotowany do rozwiązywania szerokiego zakresu wyzwań naukowych.

Oprócz naszej wiedzy specjalistycznej w dziedzinie projektowania leków peptydowych i analizy interakcji molekularnych, specjalizujemy się również w projektowaniu leków, wirtualnym screeningu oraz przewidywaniu struktur RNA. Te wszechstronne umiejętności wspierają szeroki zakres projektów, od projektowania nowych leków po badanie złożonych kompleksów biomolekularnych. 

Aby uzyskać więcej informacji lub omówić potencjalną współpracę, prosimy o kontakt mailowy na adres sekmi@chem.uw.edu.pl

Przykładowe usługi bioinformatyczne z zakresu bioinformatyki strukturalnej obejmują: modelowanie struktur białek, przewidywanie struktury białek z użyciem AlphaFold, analiza dynamiki molekularnej, projektowanie leków na bazie struktury, analiza porównawcza struktur białkowych, przewidywanie interakcji białko-białko, analiza struktur RNA i DNA, wizualizacja danych strukturalnych, wirtualny screening, dokowanie molekularne, analiza konformacji ligandów, przewidywanie lokalizacji wiązania, stosowanie metod głębokiego uczenia do klasyfikacji struktur białkowych oraz generowanie nowych molekuł leczniczych za pomocą algorytmów AI.

Usługi oparte o superkomputer

Zarządzamy superkomputerem FunK w Centrum Badań Biologicznych i Chemicznych UW. FunK, charakteryzuje się dużymi możliwościami obliczeniowymi (2400 rdzeni / 4800 wątków / 382 teraflopy i 200 kart GPU). Możliwe usługi obejmują np. długie symulacje złożonych systemów biomolekularnych oraz analizę dużych zbiorów danych.